Cea mai mare parte din cele aproape 5000 de colecții de istorie naturală ale Muzeului Secuiesc din Ciuc au fost transferate în instituția noastră între 1971–1988. După trecerea dintre secole, în 1989, colecția a încetat să mai crească, în parte din cauza lipsei de specialiști și în parte din cauza resurselor financiare limitate. În ultimii ani, începând cu anul 2018, o colecție de arheozoologie comparată s-a adăugat celor existente în cadrul secției de istorie naturală, tocmai la inițiativa specialistului potrivit.

• Apă minerală: Materialul, care cuprinde aproape 1500 de obiecte, include etichete publicitare ale vechilor fabrici de îmbuteliere a apei minerale, precum și diferite tipuri de sticle, ulcioare și echipamente de spălare a sticlelor pentru depozitarea apei minerale.

• Herbarul: Colecția conține ierburi uscate valoroase, cele mai vechi datând din 1835. Herbarul Liceului Romano-Catolic din Miercurea Ciuc, întocmit între 1935 și 1937; colecția de plante "Flora Hungarica" a lui Lajos Richter (1880–1887) și, nu în ultimul rând, herbarul Institutului de Farmacie din Târgu Mureș (1880–1887).

• Păsări și mamifere: animale împăiate aparținând faunei tipice din zonă, prădători diurni: acvilă, cerber, bufniță; prădători nocturni: bufniță, bufnițe; animale de câmp: pasărea împăratului, barza neagră, iepurele brun, iepurele, potârnichea; animale din pădure: cocoșul de câmp, cocoșul de pin, zodiacul verde, ursul brun, lupul, vulpea, râsul; păsări acvatice: limanii, gulerele negre, rândunica cu burtă neagră, vidra. Foarte impresionante sunt și rațele de cerb și căprioară depozitate în condiții excelente de către Societatea Județeană de Vânătoare și Pescuit.

• Minerale și roci: Colecția reflectă în principal cele mai reprezentative tipuri de minerale și roci din Bazinul Ciuc și Transilvania, dar păstrează și diverse tipuri de minerale din Germania, Cehia și China. Doar câteva categorii de minerale sunt menționate ca exemple: elemente minerale (mercur, sulf); sulfuri și sulfosalte (galenit, cinabarit, pirita, calcopirita); halogenuri (sare gemă, fluorit); oxizi și hidroxizi (cuarț, ametist, opal); carbonați (calcit, rodocrosit, dolomit); sulfați (gips, barit); silicați (moscovit, sodalit, nefelină).

• Cea mai mare parte a colecției este formată din tipuri de roci. Printre rocile de adâncime se numără și granitul, care se găsește doar în mici porțiuni la suprafață. Se găsește la granița estică a satului Tomești și este de culoare roșiatică. Sienitul, o rocă de tranziție, se găsește în Bazinul Gheorgheni, pe Dealul Piricske, în partea interioară a Carpaților Orientali.

• Andesitul este cea mai importantă dintre rocile eruptive vulcanice. Este cel mai mare și cel mai frumos lanț vulcanic andezit din Europa, care se întinde de la Vatra-Dornei la Malnaș-Băi. Dintre varietățile de andezit, cele mai importante sunt andezitul amfibolic din lanțul Harghita, care se găsește în valea mijlocie, andezitul piroxenic, care se găsește în mase mai mari, și andezitul bazaltic, o varietate de andezit sticlos-rupte. Cel mai important element de tranziție către bazalte. În zonele îmbibate cu apă, andezitul este perturbat de gazele de dioxid de carbon și hidrogen sulfurat emise în urma vulcanismului, precum și de apele carbonice, dând naștere la diverse alterări post-volcanice: caolinice, cuarțoase, alumitice și cloritice. Culmea Harghitei este însoțită, pe ambele părți, de resturi de toate dimensiunile, ejectate și depozitate de activitatea vulcanică anterioară. Roca cu granulație fină, de obicei mai mică de 2 mm, se numește tuf, un fragment solidificat de rocă de diferite compoziții.

• Rocile metamorfice includ diferite tipuri de șisturi, gnais și marmură. Cea mai frumoasă marmură albă se găsește sub dealul bisericii din satul Lăzarea. Cele mai importante roci sedimentare sunt conglomeratul, brecia, argila, gresia, gipsul, diferite tipuri de calcar și turba.

  • mică parte a colecției este alcătuită din fosile: Pecten, Echinolampas, Ostrea, Belemnites, Amonites, Sigillaria, Lepidodendron, Numulites.

• Colecția comparativă arheozoologică: Colecția comparativă, esențială pentru studiile arheozoologice, constă în oase de mamifere și de păsări, provenind în principal din descoperiri arheologice și, mai rar, din specimene fosile comandate de taxidermist.