Csíkszereda egyik legrégibb épülete a Mikó-várkastély, amely a köznyelvben "vár"-ként honosodott meg. Építtetője, Hídvégi Mikó Ferenc 1611-től Csíkszék alkapitánya. Az új fejedelem, Bethlen Gábor 1613-ban a fiatal és energikus Mikót – Csíkszék főkapitányává nevezve ki – saját korábbi tisztségére érdemesítette. Mikó fiatal korától a fejedelem feltétlen híve, a középnemesség soraiból emelkedett fel a nagyságos urak közé. 1622-től tanácsúr, kincstárnok, majd udvarmester. A fejedelem legjártasabb diplomatái közé tartozott, emellett a 17. század eleji erdélyi politikai élet kiemelkedő egyénisége volt. Az akkor Mikó-újvárnak nevezett épületet 1623. április 26-án kezdte a főkapitány építtetni. Joggal feltételezhető, hogy az óolasz stílusú várkastély építésénél közreműködött az olasz Giacomo Resti, aki 1615–1634 között mint udvari építész Erdélyben dolgozott. A mintegy 75×70 m alapterületű, nagyrészt kész négyszögletes főúri kastély építése valószínűleg az építtető 1635-ös halálával abbamaradt. Stílusa alapján az épület leginkább a radnóti, az alvinci és a szárhegyi várkastélyokkal rokonítható. 1661. október 21-én a temesvári Ali pasa török és tatár csapatai betörtek Csíkba, a várat elfoglalták és felégették.
A romos állapotú épület helyreállítására évtizedekkel később, Stephan Steinville osztrák generális utasítására került sor (1714–1716), ezt a bejárati kapu fölött elhelyezett, kőbevésett felirat is igazolja. Az újjáépített vár köré négy új olaszbástyás külső védőövet terveztek, melynek maradványai ma is láthatók a déli oldalon. Az osztrákok a kastély nyugati oldalához egy szögletes kis lőpor-raktárat építettek.
Az így megerősített vár a Habsburg birodalom keleti védelmi vonalában játszott szerepet. 1764-ig, a székely határőrség erőszakos megszervezéséig a császári csapatok laktanyája, ettől kezdve 1849-ig az első székely gyalogezred táborkarának székhelye. Az 1848–49-es forradalom idején itt volt Gál Sándor hadiszállása.
A szabadságharc leverése után is katonai hatóságok birtokolták a várat. 1890-ben a kapubástya oldalához egy-egy épületszárnyat építettek, melyeket 1990-ben bontottak le. Az 1880-as években fokozatosan feltöltötték a vársáncot.
Rövid időközöket leszámítva, amikor különböző intézmények és hivatalok működtek a várban, a 20. század közepéig a katonaság folyamatosan használta. 1970-ben, nagyméretű javítás után itt kapott helyet az 1930-ban alapított Csíki Székely Múzeum.
Az épület 2010–2013 között esett át az utolsó átfogó javításon.